Overfor avisen Chigaco Sun-Times har Ballmer erkendt, at Linux er en reel trussel for Microsoft, der fremstiller det altdominerende styresystem Windows: " Det er god konkurrence, som tvinger os til at være innovative. Det tvinger os til at begrunde vor prissætning og de værdier vi leverer."

Microsoft-chefen er dog ifølge ComputerSweden yderst betænkelig ved, at der puttes offentlig støtte i udviklingen af den åbne kildekode. På grund af herskende licens-udformning er åbne kildekoder nemlig ikke tilgængelige for kommercielle virksomheder. Udvikler man en slags software med åben kildekode, er man nødt til at gøre resten af ens software tilgængelig med åben kildekode. Ballmer mener derfor, at Linux er en cancer med hensyn til intellektuelle rettigheder, der inficerer alt hvad den rører ved.

Tilhængere af åben kildekode kritiserer Steve Ballmer for at ignorere forskellige forhold. Således anvender verdenskoncerner som IBM og Hewlett-Packard allerede Linux. En talsmand for åben kildekode, Eric Raymond, henviser til, at 60 procent af alle web-servere kører Apache, som er åben kildekode. Dette betyder imidlertid ikke, at Apache tvinger virksomhederne til at blotte deres øvrige åbne kildekoder. "Mange mennesker anvender Linux på computere, hvor de ellers har software og data som ikke har åben kildekoder," mener Raymond.